根据国务院医改工作统一部署，财政部会同卫生部等有关部门于近日同步推出了医疗机构财务、会计、注册会计师审计等五项制度，即：修订印发了《医院财务制度》（财社[2010]306号）和《医院会计制度》（财会[2010]27号），制定印发了《基层医疗卫生机构财务制度》（财社[2010]307号）和《基层医疗卫生机构会计制度》（财会[2010]26号），中国注册会计师协会制定印发了《医院财务报表审计指引》（会协[2011]3号）。
新的医院财务、会计制度自2011年7月1日起在公立医院改革国家联系试点城市执行，2012年1月1日起在全国执行。基层医疗卫生机构财务、会计制度和医院财务报表审计指引自2011年7月1日起全面执行。这五项制度的实施，有利于推动医院和基层医疗卫生机构全面加强预算管理，严格医疗机构财务管理，提高会计信息质量，强化预算约束和成本控制，规范业务活动，促使医疗机构运行机制不断完善；有利于加强政府主管部门对医院和基层医疗卫生机构的财务、会计监管，避免机构的盲目扩张，从供给方加强医疗费用控制，缓解群众医药费用负担；有利于发挥注册会计师的审计监督作用，提高医院财务会计信息的准确性和透明度，推动医疗机构财务信息的阳光化；有利于推动加快公立医院改革试点和基层医疗卫生机构体制、机制的综合改革进程。
财政部要求，各级财政部门要积极会同卫生、中医药管理部门以及注册会计师行业组织，认真抓好这五项制度的组织实施，制定具体实施办法，开展系统培训，加强督促检查，确保执行到位。
